O topônimo provém do nome “jandaia”, ave existente na região.

Foi uma homenagem aos indígenas jandaias, que habitavam o local.

A ave de onde provém o topônimo é também chamada de periquito do papo-amarelo.

O acréscimo de “do Sul” ocorreu por já existir um município de Jandaia no estado de Goiás.